虽然句子不够地道优美，但是语法上的确没有什么错误。
只是有一点，即：第一个they和后面的the flowers其实是一回事，但是写作中不可能先用代词they，再去写清楚是名词the flowers.
建议两者位置互换一下，即改成：
Plants have flowers not because the flowers are beautiful but because they make seeds.
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